No âmbito da CNBB, dom Cipollini foi nomeado membro da Comissão Episcopal Pastoral para a Doutrina da Fé para o mandato de 2011 a 2014, e posteriormente eleito presidente da mesma comissão na Assembleia Geral da CNBB de 2015 para o período de 2015 a 2019, sendo reeleito em 2019